常設展示廳
作爲一般公開展示，從本館藏品中精選出1500余件代表沖繩自然、文化之標本及資料，陳列于1樓的常設展示廳中。此外，另設有「學校群落生境展示園」作爲自然教學使用。
風樹館建築
風樹館的核心建築由衝繩著名建築師金城信吉（1934-1984）設計建造，爲其一生中最後的作品。他曾設計過那霸市民會館、那霸首里城希爾頓逸林酒店等。風樹館建築隨處可見琉球式建築特有痕迹。其外觀爲紅磚曲線設計，借鑒了沖繩歷史城迹、傳統古墓等石造建築的優美曲線設計理念。此外，大廳入口處安置的屏風牆，也是借鑒傳統民居入口處的照壁而來。
